Der Kirchenrat ist das Führungsorgan der Kirchgemeinde Ebikon. Ihm gehören vier von der Kirchgemeinde gewählte Mitglieder sowie von Amtes wegen die Gemeindeleiterin an. Präsident/in und Kirchmeier/in werden in ihrer Funktion gewählt. Der Kirchenrat ist verantwortlich für die Finanzen und die Anstellungen der Mitarbeitenden. Die Anstellungen der Gemeindeleitung und der Mitarbeitenden mit einer bischöflichen Beauftragung (Missio) erfolgen in Zusammenarbeit mit dem Bistum Basel. Der/die Ratsschreiber/in protokolliert die Sitzungen.